Tonje Bekken studerte i Trondheim med Øyvind Gimse, og siden tok hun orkestermaster i Gøteborg.
Hun har hele tiden vært aktiv frilanser - både som kammermusiker og i de norske orkestrene.
Som kammermusiker har hun bl.a hatt Wolfgang Plagge, Geoffrey Gotch, Bjarne Fiskum og Kungsbacka Trio som lærere og vært på masterclasses med kvartettene Heine og Takacs. I tillegg har hun spilt barokkcello for Paolo Pandolfo.
Siden 2010 har hun vært fast ansatt cellist i Stavanger Symfoniorkester og fått fortsette med kammermusikk og barokkmusikk der.
I de senere år har hun også fått flere egne elever og vært mye vikar og støttespiller i kulturskolen i Stavanger.